Отображается другими цветами именно потому что все цвета и оформление прописываются в файле стилей (.css), ссылку на который вирус заменил на ссылку на инфицированный файл css подгружающийся с левого айпишника. В этом файле css вместо цветовых констант прописан код, который приводит к переполнению буфера эксплорера и установке на комп юзера трояна.
Чтобы устранить проблему достаточно на сервере заменить в php скриптах ссылку с инфицированного css на css который был до этого. Ну и надо поймать червя за хвост в автозагрузке дабы он снова не переписал php код
