Патент, мне кажется, что вы не понимаете какая модель атома существовала до опытов Резерфорда, что этот опыт изменил в этой модели и почему? Поэтому я попрошу вас запостить здесь ответы на три вопроса:
1) Какая модель атома существовала до Резерфордовской?
2) Что измерялось в опыте Резерфорда и какое расхождение с существующей моделью он показал?
3) Что изменили в существующей модели атома, чтобы попытаться объяснить результаты этого эксперимента?
Что касается несоответствия полёта шара формуле, то я прочитав тектст так и не увидел никакого несоответствия. Вы указываете не на несоответствие формулы, а на то, что отсутсвует объяснение как именно одна отдельная "горячая" молекула поднимается вверх.
К сожалению, попытки описать механизм поднятия "горячих" молекул лишены всякого смысла, так как после первого же столкновения "горячая" молекула может стать "холодной". Поэтому понятие температуры применимо только к очень большому числу молекул. | 
Правила форума
Справка
Расширения
Древовидный вид