много упоминаний о нагах можно найти в
Махабхарате.
несколько фрагментов (появление Гаруды - повелителя пернатых; великое жертвоприношение змей) описывают масштабное исстребление нагов и змиев за их провинности.
достигнуть высшего (по сравнению с другими) уровня мудрости не означает не совершать зла. и кармические следствия пожинать придется.
это только одно из толкований. в той же "тайной доктрине" неоднократно упоминается, что смысл одного и того же фрагмента можно открыть используя различные ключи. мы можем лишь строить догадки, и даже проникать в некоторые аспекты истины интуитивно, но не более.
о жертвоприношени змей можно прочитать http://www.layayoga.ru/index.php?id=5873