Насколько я понимаю, санскритский вариант названия Агни Йога является вторичным. Первичным является латинское "Philosophi per ignem", или "Философы Огня". Рерихи судя по всему просто перевели "Philosophi per ignem" на санскрит. Поскольку в санскрите отсутсвует эквивалент слова "философия", то слово "йога" является одним из вполне допустимых вариантов перевода. Зачем это было сделано понять нетрудно...
Об "Философах Огня" можно почитать у Блаватской, в частности вот в этой статье:
http://olvia.biz/007/post_1358173132.html