Но слышал мнение, что кур мучают (плохие условия содержания, обрезание клювов и пр) и в этом смысле употребление яйц можно рассматривать как пособничество в подобных беззакониях
И это то же верно. В этом смысле птицефабрики не отличаются от скотобоен.