Я тоже раньше думал, что это одно и то же. Сейчас понимаю, что НЕ любая мысль - программа.
Я бы заметил, что, наверное, более точным соответствием термину "программа" является термин "идея". Материалисты говорят, что идея — это мысль, отвечающая на вопрос "Что делать?".